Q&A in DNA structure and replication

[PHYSICIAN]

السلام عليكم
انا بديت اذاكر من البدايه وبالترتيب
فالي عنده سؤال او ملاحظات في هذا الباب يتفضل بوضعها
وابدا انا بالملاحظات الي سجلتها مع د.عمرو

genetic matrial in all tissues are the same BUT the expresion is differint

RNA is unbranched single strand

DNA is d.s. but in some virus is s.s

circular DNA in cytosole only but linear in cytosole & in nucleus

okazaki fragments are NOT connected by ligase

DNA tubns arrownd hiton is left-handed

the most condensed form of DNA is chromosome

histon formation is conservative

and that's it

see you

[PHYSICIAN]

صح نسيت اسأل السؤال ال ابي أسأله

مين الي فاهم الـ telomerase

بليييز ساعدوني تراني قاعد افحط فيه من الكات الي راح
وشكرا للمساعده

[.: بسيط :.]

انا فاهمه بس موب الحين لين اراجعه
خله على جنب وادق عليك الليله نفصفصه الين يطلع مع اذانك
<--- متضايق عشانك وقسم :(

[سقراط]

الله يعطيك العافية فيزشن.....
ولا تقصر...

بسيط...
انا فاهمه بس موب الحين لين اراجعه
أنتي فاهمة؟؟؟
ض1ض1ض1ض1

[.: بسيط :.]

فاهمـ(تعود علي)... ــه(تعود على الـtelomerase)

وش بلاك قمت تخور يا ولد؟ ض1

[M O N A M I]

سلام عليكم
Dr.PHYSICIAN
راح احاول اقولك اهم الاشياء عن الـ telomerase :


http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/T/telomere3.gif

في الـ Eucaryotic cells عنده مشكله
تحصل في: replicating the ends of their linear DNA molecules

الي هي :
انه لما شال الـ RNA primer on the extrem 5'-end ( الي احتجناه عشان نبدأ عملية الـ synthesis) الموجود على الـ Lagging strand من بعد ماخلاص ادى وظيفته >> ترك فراغ محله
>> ومايقدر يحط في الفراغ هذا الـ DNA مثل ماهو عند الـ Prokaryotic


يعني انتبه :
-Eukaryotic cell
- on the 5'-end
- lagging strand


وفيه وضع طبيعي في الخلية الي اسمه الـ Telomeres
ليش : عشان يحمي الـ end of the chromosome من انه يتآكل بواسطة Nuclease
( عشان قلنا انه فيه فراغ وماقدر يعبيه > فيصير عرضه للتآكل :rolleyes: )

خصائص الـ Telomeres :
- noncoding sequence of DNA
-complexed with protiens
ويكون :
-strand rich in T & G repetitive sequence
-Complementry Chain of A & C sequence
>> الاثنين طبعا يكونوا Base-paired يعني يكونوا Double helix
(وانتبه انه الـ Range of T:G = 1:4)


طيب كيف يحمي الـ Chromosome من التآكل ؟ :

يقولك انه من مميزات الـ TG strand انه هو أطول من الـ AC strand
>> راح يصير فيه single strand DNA at the 3'-end of the double helix
ويكون طوله حوالي few hundred nucleotides long

الـ Single-strand عنده قابليه الـ Fold back on itself
>> forming structer stabelize by protien
وبكذا يحمي الـ ends of the Chromosome

-لاحظ انه الـ Singel-strand اصلا عبارة عن TG strand

بس يقولك فيه عيب حاصل في نوع الحماية هذه >> انها مؤقتة >> بمعنى :

الخلايا تتعرض للـ Aging process
انه بعد كل عمليه cell division يكون > slightly shorter
وبكذا الييين يختفي ومايصير في حماية فيتعرض الـ DNA essentila for cell function للتآكل او بمعنى آخر نسميها cellular aging & Death


:D ( ولكل قاعدة ... شواذ ) :D
يقولك في نوع معين من الخلايا ماتتعرض لعمليه الـ Aging process مثل :
- germ-line cells
-cancer cells

طيب ايش السبب ؟

http://www.bio.miami.edu/dana/250/telomerase.jpg

عندها انزيم اسمه Telomerase
وظيفته : responsible for replacing these lost ends
( مين الـ lost ends ?? >> هما الـ Telomeres )
عبارة عن : Special kind of Reverse Transcriptase

خصائصها :
- carries its own RNA molecules
- عددها حوالي 150 nucleotides

طيب نتكلم عن الـ RNA الموجودة في الأنزيم :
- هي AC sequence
(نفس الـ AC sequence that is complimentry to TG repeat sequence)

- تكون Base-pairs مع الـ terminal nucleotides at the single-strand 3'-end of DNA
بواسطه Hydrogen bond
(يعني بالمختصر ;) تكون base-pair مع الـ TG trand < الي قلنا انها
اطول من الـ TG وعندها خاصيه الـ fold back )

طريقه عملها :
انه هذا الانزيم يكون Tamplete للـ extending DNA
(يعني يساعد الـ TG strand على انها تتكون من جديد )

واول مايتكون الـ repeated sequence >> يصير للانزيم Translocated
يعني يغير مكانه يروح عند >> Newly syntesized end of DNA >> يرتبط معاه بروابط هيدروجينية >> وهكذا تتكرر العملية


وانتبه للفرق بين الـ Telomeres & Telomerase

Telomers :
- non coding sequence
-DNA nucleotides
- TG & AC sequence
- in all Eukaryotic cells

Telomerase :
- Enzyme
- RNA nucleotides
-AC sequence
-germ-line cells & cancer cells

^ ماادري اذا فيه غيرهم هذا الي طلع معايا :rolleyes:

وبس .. :rolleyes:
وطبعا الرسمه في الكتاب تساعد
ان شاء الله مااكون نسيت شيء او لخبطتك بزيادة :)
واذا اي احد شاف غلط باي معلومة يصححها

وبالتوفيق للجميع دعواتكم ..

[zan]

أشكرك أختي على شرحك إلي أكثر من رائع :) . كسبتي فيني أجر توني أفهمه زين

الله يوفقك إنشاء الله

[.: بسيط :.]

مونامي.

هالحين بكل المواد غاثتنا ما اعرف ووشلون وكيف ومدري وشو
ولا جيتي للبايو المادة اللي تجيب لي المرض تطلعين مهاراتك الفرديّه؟
وربي شرح رهيب جدا ما شاء الله ولو اني ما راجعت هالنقطه للحين لكن اراجعها واتأكد من معلوماتك
يعطيك 1000 عارفيه
< يقرص اذن راعي الموضوع يقول فهمت؟

[PHYSICIAN]

تعيش MONAMI تعيش تعيش تعيش

يسقط قسم البيو يسقط يسقط يسقط

all of them except alone
888888 يعني الا وحيد <<<< افضل دكتور بيو في الكورة الارضيه

[M O N A M I]

Dr.zan

العفوو ماسويت شي ..
ان شاء الله ربي يوفق الجميع :)


د.بسيط

ههههههه حلوه المهاره الفردية :D :D
بعدين يعني عيب كل المواد مااعرف فيهم شي
لازم ماده اتفلسف فيها
ومن حظي طلع البايو :rolleyes:


Dr.PHYSICIAN

الله يسلمك .. :)
اهم شي تكون فهمت الي كنت تبغى تفهمه ;)



شوية توضيحات اضافيه ..

الـ Single-strand عنده قابليه الـ Fold back on itself >> forming structer stabelize by protienوبكذا يحمي الـ ends of the Chromosome

-لاحظ انه الـ Singel-strand اصلا عبارة عن TG strand
^
اوضح انه ميزة الـ Fold back تصير في الـ Single Strand الي هي اصلا الـ Telomeres
( وليس الانزيم ) :p


** يعني الـ Single strand : هو عبارة عن TG strand at the 3'-end
( والي هي مثل ماقلنا قبل صارت Single عشانها اطول من الـ AC strand )
- عنده خاصية الـ Fold back عشان يحمي من عملية التآكل


كيفية عمل الانزيم Telomerase :

- قلنا انه قبل انه الـ Telomeres يتـقصر يتآكل تدريجيا مع كل عملية انقسام في الخلية الين يختفي وتموت الخليه
يعني احنا ايش مفروض نسوي عشان نعوض هذا النقصان > انه نطول زيادة :rolleyes:

وهذا بالضبط الي يسويه الانزيم وخطوات عمله كالتالي :
1- يشبك على الـ Single strand
( والتكرار يعلم الشطار الي هو عبارة عن TG strand at the 3'-end ) :D

2- داخل الانزيم فيه RNA مو DNA وهي AC sequence وهي تشتغل كأنها Tamplet
يساعد على عمليه الـ elongation
يعني لما شبك في الـSingle strand > الي سواه طولي هوا يعني زاد من طوله

3- انه الانزيم نفسه في طرفه on the 3'-end تشتغل شغل الـ Primer
وراح تزودلي طول الـ AC نفس الشي بالـ Elongation يساعدهم الـDNA Polymerase

يعني الانزيم Telomerase ادى وظيفتين :
- Tamplet بالنسبة للـ TG > زود لي من طوله
-Primer بالنسبة للـ Ac > زاد من طوله بمساعده الـ DNA polymerase

>> والنتيجه النهائية كل من الـ TG & AC زاد من طولهم :rolleyes:


اححم وفيه غلطه كتبتها قبل فوق بس هذا الصح :
- تكون Base-pairs مع الـ terminal nucleotides at the single-strand 3'-end of DNA
بواسطه Hydrogen bond
(يعني بالمختصر تكون base-pair مع الـ TG trand < الي قلنا انها
اطول من الـ AC وعندها خاصيه الـ fold back )

ان شاء الله وضحت بعض الامور الخفيه ..
واكرر اي احد يشوف معلومة غلط يصححها

وبالتوفيق للجميع :rolleyes: ;)

[PHYSICIAN]

يهوووووووووووو
تترا را ررا
اخيرا
تم فهم هذا الوضوع بنجاح

MONAMI

حنا بدونك سلطه في البيو الله يوفقك ويسهل امرك

3- انه الانزيم نفسه في طرفه on the 3'-end تشتغل شغل الـ Primer
وراح تزودلي طول الـ AC نفس الشي بالـ Elongation يساعدهم الـDNA Polymerase

في الكتاب يقول انو
RNA primer يحطها انزيم primase <<< يعني ماهي حقت ال telomerase هي complement
للــ RNA template الي قي الانزيم

[أبو نورة]

بصرااااااااااااحه

ابداع ورسمات توضيحية خيالية

بس برضو في سؤال

ما فهمت كيف الTelomerase يسوي تكرار A&C على شريط الدنا الثاني

[M O N A M I]

د.أبو نورة

يسوي تكرارللـ AC لانه :
الانزيم نفسه في طرفه on the 3'-end تشتغل شغل الـ Primer
وراح تزودلي طول الـ AC نفس الشي بالـ Elongation يساعدهم الـDNA Polymerase


بس فيه تصحيح من الـ Dr. PHYSICIAN ;)
انه :
في الكتاب يقول انو
RNA primer يحطها انزيم primase <<< يعني ماهي حقت ال telomerase هي complement
للــ RNA template الي قي الانزيم


يعني لما الانزيم الـ Telomerase يشبك في الـ Single strand
بطريقه ما أو بأخرى راح يكون فيه الـ Primer الي يجي بواسطة الانزيم Primase
ولما يكون فيه الـ Primer معناته خلاص نقدر نبدا عمليه الـ Elongation ويساعدنا بها العمليه
الانزيم DNA polymerase
>> وخلاص راح يزداد طول الـ AC strand

ماادري احس كأني عدت كلامي اللي قلته قبل :rolleyes: :D

اهم شي فهمت عليا :)

[صـ هيل]

مونامي.. ربي يوفقك ويسعدك ويخليك.. ويفرش لك الدنيا خير :)

ممكن تشرحين لي البايو كله؟؟؟ ض1 ض1

<<هذي الي ماتنعطى وجه بجد

امزززح طبعاً.. مشكووووورة مره ثانيه.. ( تدرين مقهورة اني ما اعرفك )!

[M O N A M I]

دكتور ض1 ض1
الله يسعدك ويوفقك دنيا وآخرة تسلمي واللهي
وحياكي والله
اي شيء مو فاهمته قوليلي لانه هي الماده الوحيده الي اقدر اتفلسف فيها :cool:
وباقي المواد على بركه الله
وبعدين كيف ماتعرفيني :D :D

[The SeNaToR]

دكتورة مونامي
طلب بسيط .. وش رايك تجي عندنا قسم البيو ويحطوكي بدال هذا ... اللي اسمه عمرو لانه معقدني :(
ومن ناحية الراتب ما عليكي ..
كل شي نتفاهم عليه ;)

احلى تحية "للدكتورة" مونامي ,,
والامو عاجبه يطق راسه باقرب جدار ,,
لا لا يجيني وانا بطقلوو اياه!!

شكرا على هذا الشرح اللي اكثر من رائع مشالله علييكي
ومن قلبي وقلب كل اللي حولي :)
الله يوفقك وتجيبي بكرة درجة كاملة ..ايه كاملة

[صـ هيل]

أنا اقتنعت الحين ان الكتاب مقرف ومعفن بجد :) + مايصلح لي :(
افهم كل شي فيه ! واجي اقرأ كلام مونامي اقول ماشاء الله من فين جابت التفاصيل هذي!!!


بقول لقسم البايو يغير المرجع ض1

ومونامي ما أعرفك = ما أعرف مين ورى يوزر مونامي...
:) باقي البنوتات اعرفهم بطريقة أو بأخرى..

مو مشكله.. ربي يوووووفقك...
ويعيني على غثى ذا المادة..

[PHYSICIAN]

الله اكبر فيه تصحيح مني انا على كلامك يا مونامي

بس فيه تصحيح من الـ Dr. PHYSICIAN

ههههههههههه والله اني مستانس مره <<<<<<< بينطق اشوا انك كنت تصيح تبي احد يشرحه لك

لكن هذا دليل اني فهمته بفضل الله ثم بفضلك يا ملكة البيو
Dr.PHYSICIAN

الله يسلمك ..
اهم شي تكون فهمت الي كنت تبغى تفهمه

ايه والله فهمت شكرا لك

[السكب]

صراحة الله يجزاك خير

أختي MONAMI ،،

فعلا ً كفيتي ،، و وفيتي

وياليتهم يحطون شرحك هذا في الكتاب ...

الله يوفقك .. ويحقق اللي في بالك وأفضل إن شاء الله..

.....
...
السكــــب
..
....

[..iris..]

monami

شرحك بالمرة رائع
جعلك الله ذخرا لكلية الطب وللوطن وللامة الاسلامية جمعاءءءءء;)

طيب اقول اسئلتي ؟؟

1. ايش الفرق ما بين التصليح لل mismaching وال UV غير اسم الانزيم ؟؟

2. انا فهمت انو الفرق مابين الmis وال base alteration ببساطة:
المسس ....انحطت من الاصل غلط ..يعني اثناء التصنيع ..وسفهناها لنصلحها بعدين مع انو المفروض تتصلح على طول
والبيس ....الشغل مضبوط من الاول للاخير.. لكن لما خلص تصنيع الستراند راحت تحولت بيس لبيس اخرى او انها انفكت من محلها

اذا كان هذا الحكي صحيح ..في جملة بالكتاب تقول عن الميس:
abnormal base (uracil ) whhich can occur in DNA by improper incorporation of dUTP insead of dTTP during DNA synthesis
كيف اقدر اركبها ؟؟

3. ايش ال DNA damage الي نستعمل فيه ال exonuclease (5>>3 ) activity ياللي لل pol 1 ؟؟

ومشكورين على تعاونكم

[M O N A M I]

سلام عليكم

بداية اشكركم كلكم على التشجيع :D
واهم شي والله انكم تسفيدوا ودعواتكم .. :rolleyes: :)

1. ايش الفرق ما بين التصليح لل mismaching وال UV غير اسم الانزيم ؟؟
^
انا اقولك الفرق ..
مثل ماقلتي اللهم انه اسم كل انزيم غير بس بنفس الطريقه يشتغلوا
ممم فيه فرق ثاني
انه في Mismatched :
انه الانزيم الي يشتغل لازم يفرق بين الـ tamplet & newly synthesized


لكن في UV :
اول مايتعرض للاشعه راح يتكون عندي الـ Dimer والي الانزيم يقدر يتعرف عليه

مو فرق كثير لكن يعتبر فرق :rolleyes:



2. انا فهمت انو الفرق مابين الmis وال base alteration ببساطة:
المسس ....انحطت من الاصل غلط ..يعني اثناء التصنيع ..وسفهناها لنصلحها بعدين مع انو المفروض تتصلح على طول
والبيس ....الشغل مضبوط من الاول للاخير.. لكن لما خلص تصنيع الستراند راحت تحولت بيس لبيس اخرى او انها انفكت من محلها

اذا كان هذا الحكي صحيح ..في جملة بالكتاب تقول عن الميس:
abnormal base (uracil ) whhich can occur in DNA by improper incorporation of dUTP insead of dTTP during DNA synthesis
كيف اقدر اركبها ؟؟

الي فهمتيهه صح ..
بس بيقولك في الـ Base alteration يصير تغيير بسببين :
- انه Spontaneously
- او اتعرض لشيء لـ Deamination or Alkylating
ويقولك انه ممكن كمان يحصل من طريق انه صار خطأ في الـ Synthesis :rolleyes:

3. ايش ال DNA damage الي نستعمل فيه ال exonuclease (5>>3 ) activity ياللي لل pol 1 ؟؟
لا مو هو damage
لا بيقولك انه من وظائف الـ Polymerase 1 الي يختلف عن الـ Polymerase 3
انه عنده exonuclease 5'-end >> 3'-end
عشان : remove RNA > replace it with DNA
وطبعا الحاله الـ RNA هنا قصده عليه الـ Primer

ماادري اذا فهمت سؤالك غلط .. :o
ومعليش على التأخير

[..iris..]

شكرا على اجاباتك

لكن بالسؤال الثاني كانو كاتبين بالكتاب
باخر سطر من صفحة 403:
this ability is important in the repair of some types of damaged DNA
كيف ؟؟

[.: بسيط :.]

3. ايش ال DNA damage الي نستعمل فيه ال exonuclease (5>>3 ) activity ياللي لل pol 1 ؟؟

iris
الـpol I HAS 5>3 (ENDONUCLEASE)ACTIVITY
والـDAMAGE اللي نستخدمه فيه هو UV light ونستخدم الانزيم UV-specific endonuclease
وله اسم ثاني uvrABC exinuclease ولاحطي اسمه exi موب exo يعني يقص من النص وعلى فكرة هذا هو الانزيم الوحيد اللي يقص من الجهتين في الـrepair

وصلت؟

[..iris..]

بسيط

thank you